Institutul de Stiinte ale Educatiei cuprinde cinci departamente de cercetare:
Teoria educaţiei
Curriculum
Politici educaţionale
Consiliere şi management educațional
Cercetari pentru Tineret
Fiecare departament este condus de un sef si dezvolta proiecte specifice domeniului sau de activitate, dar se realizează și teme cross-departamente. Resursele Institutului de Stiinte ale Educatiei sunt gestionate global, de catre un Consiliu Stiintific si un Consiliu de Administratie (care cuprinde un numar restâns de membri ai Consiliului Stiintific, alesi de acesta prin vot). Activitatea de cercetare a ISE este sprijinită de serviciu administrativ-contabil.