Institutul de Stiinte ale Educatiei cuprinde cinci departamente corespunzatoare marilor domenii de activitate, respectiv:

• Teoria educaţiei
• Curriculum
• Politici educaţionale
• Management educaţional
• Consiliere şi învăţare permanentă

Fiecare departament este condus de un sef si dezvolta proiecte specifice domeniului sau de activitate. Resursele Institutului de Stiinte ale Educatiei sunt însa gestionate global, de catre un Consiliu Stiintific si un Consiliu de Administratie (care cuprinde un numar restâns de membri ai Consiliului Stiintific, alesi de acesta prin vot).

Majoritatea activitatilor profesionale si de formare a cercetatorilor se desfasoara la nivelul departamentelor si al proiectelor de cercetare.